Murat Nehri, Van Gölü’nün kuzeyindeki Ağrı’nın Diyadin ilçesinden akmaya başlar. Aladağ ve Muratbaşı Dağı’nın kollarının birleşmesi ile nehir oluşur. Murat Nehri’nin rehabilite edilmesi planlanan ana kolunun 64.10 km’lik kısmı kuzey-güney-batı yönünde akmaya devam ediyor.

Yatağın eğiminin düşük olması ve pürüzlülük faktörlerinin yüksek olması nedeniyle Murat Nehri’nin hidrolik kapasitesinin oldukça sınırlı olduğu belirlenmiştir. Proje çalışmaları ile yatak genişliği, alüvyon ve taşınabilir malzeme yapısı, güzergah uzunluğu ve düşük eğim gibi faktörler dikkate alınarak alternatifler geliştirilmiştir.